De toren.
Tot 1865 beschikte Vlagtwedde over een vrijstaande toren aan de noordzijde van de kerk. De huidige toren is vrij laag en is opgetrokken uit baksteen. Hij heeft een met leisteen beklede tentdak. Dit dak steekt allen met de punt boven het pannendak van de kerk uit. In de toren zijn rondboog ramen en galmgaten aangebracht.
 
De luidklok.
In 1704 is er het nodige te doen geweest over de opschriften op de nieuwe luidklok. De kerkvoogden kregen het aan de stok met de eigenerfden. Het bleek dat het ”Stadswapen en de namen van de burgemeesterenen ,de raad, alsmede de namen van de kerkvoogden, diaconen en klokkegieter met merckelijke en intolerabele abuyse waren aangebracht, vergezeld van absurde rijmpjes”.
Ondanks dit alles heeft de klok toch tot 1883 naar behoren gefunctioneerd.
 
Het uiterlijk van de kerk.
Het uiterlijk van de kerk wordt bepaald door de pleisterlaag die in het laatste decennium van de 19e eeuw is aangebracht. Er is nog een foto uit 1893 met daarop een ongepleisterde kerk. Het aanbrengen van deze pleisterlaag is waarschijnlijk noodzaak geweest. Oorspronkelijk was de uit baksteen opgetrokken kerk korter en recht gesloten met een topgevel. De kerk was gewijd aan de toen en nu nog steeds populaire St Martinus, bisschop van Tours.
Omdat de kerk belangrijk was in de rechtspraak van Westerwolde, in de kerk werd het seendrecht, het kerkelijke recht gesproken, was kerk te klein. In de vroege 16e eeuw werd toen een nieuw koor aangebouwd met een driezijdige sluiting. Tijdens deze verbouwing is ook het huidige kruisribgewelf aangebracht. Het is niet bekend hoe het plafond er voor die tijd heeft uitgezien.
Het nieuw gebouwde koor werd voorzien van spitsboogramen. De pitsboogramen in het schip zijn later aangebracht ter vervanging van de kleineren rondboogramen. In het koor is nog een kleine ingang die is afgesloten met een segmentboog.
Aan de noordzijde is in 1958 een achthoekige vergaderruimte aangebouwd dat dienst doet als consistoriekamer.
 
Het interieur.
De vloer is belegd met rode en gesmoorde plavuizen. Aan weerszijden van het middenpad staan geverfde bankenblokken. Tegen de noordgevel staan drie banken, gericht op de kansel. Deze zijn nog gedeeltelijk authentiek.
Tegen de zuidwand is een eenvoudige eikenhouten preekstoel uit de 17e eeuw geplaatst. Ook het klankbord boven de kansel is sober uitgevoerd.
Op het koor staan eikenhouten Oud-Hollandse knopstoelen. In de kerk hangen drie 2x8 lichts messing bolkronen. De doopbekkenstaander en de Avondmaalstafel zijn modern. De kerk bezit nog een oude smeedijzeren staander met messing bekken.
Het gebrandschilderde raam met een voorstelling van de Goede Herder is geplaatst ter gelegenheid van de restauratie in 1933.
 
Het orgel. 
Het orgel is in 1901 geleverd door Bakker & Timmenga te Leeuwarden. Waarschijnlijk was er voor 1901 geen orgel in de kerk. Het orgel was een geschenk van de plaatselijke huisarts P. Rinsema. Hieraan wordt gerefereerd op het gedenkbord aan de orgelbalustrade. Het orgel is in 1981 gerestaureerd door Mense Ruiter uit Zuidwolde. Het orgel heeft 9 stemmen op het manuaal en 1 stem op het pedaal. 
 
De Grafzerken.
Voor de preekstoel liggen drie grafzerken waarvan de oudste uit 1748 dateert. Deze herinnert aan Theodorus Cloppenborgt, overleden op de leeftijd van 71 jaren en 6 maanden, landrechter van Westerwolde gedurende 36 jaar – 3 weken.
Het tweede herinnert aan Hendrik Piccart, eveneens landrechter en overleden in 1805, en aan zijn vrouw Sophia Grootholtman, overleden in maart 1787. Hun zoon, Sophius Coenrad Hendrik is gedoopt op 18 maart 1787, dus…….
Het derde zerk herinnert aan Geertruida Palmer, geboren in 1798 en overleden in 1826, tien dagen na de geboorte van de vierde   hunner kinderen.
Geertruida was de vrouw van DS. jan v d Broek, predikant van 1825 tot 1829.